Сначала Федор под влиянием Милославских сослал вторую жену своего отца Наталью Нарышкину и ее сына Петра (будущего Петра Великого) в подмосковную деревню. Однако постепенно Федор освободился от влияния Милославских. В 1682 Федор взял в жены Марфу Апраксину, родственницу И.М.Языкова. Последний вместе с А.Т.Лихачевым теперь оказывали сильное влияние на царя.

Первые четыре года царствования Федор вел войны – за удержание Украины, с турками, с крымскими татарами (1676–1681) и со шведами. В 1681 был подписан Бахчисарайский мирный договор с Турцией, которая отказалась от всех притязаний на Левобережную Украину.

Федор проводил реформы в управлении государством и в организации армии. В 1678 была проведена перепись населения. Было уничтожено местничество (1682), система получения постов (мест) на гражданской, военной и придворной службе с учетом родословной (происхождения) человека и его собственных заслуг. Умер Федор 27 апреля (7 мая) 1682.