В трактате О разделении природы, основанном на идеях Псевдо-Дионисия, греческих отцов церкви и Августина и демонстрирующем оригинальность мысли самого Эриугены, различаются четыре класса природ. (1) Природа творящая, но не сотворенная (natura creans, non creata), есть Бог, сверхсущностная Божественность и первоисточник всех вещей. (2) Природу сотворенную и творящую (natura creata et creans) составляют «формы», «виды» или «прототипы» всех конечных вещей. Эти формы «творятся» в вечном порождении второго Лица Троицы, Слова Божьего, и через него, и они вечно пребывают в этом Слове. Через эти «формы», как «первопричины» или «первообразы», по образцу которых образованы все конечные вещи, в большей или меньшей степени причастные им, творятся все конечные субстанции. (3) Природа сотворенная, но не творящая (natura creata, non creans), – это сам конечный мир, сотворенный не посредством эманации «первопричин», а в свободном акте творения «из ничего». (4) Природа не творящая и не сотворенная (natura non creans, non creata) – это опять Бог, рассматриваемый теперь уже не как первоначало, из которого происходит все сущее, а как цель (или конечная причина), в которой все множество тварных сущностей, составляющих универсум, вновь обретет вечный покой.

Несмотря на смелые высказывания о возможностях и прерогативах человеческого ума, Эриугена не был рационалистом или вольнодумцем и настаивал на почтительном отношении к авторитету Св. Писания и церковному Преданию. Попытки истолковать его учение в пантеистическом духе неосновательны.