Тридентский собор (1545–1563) официально отверг протестантские догматы. Теологическую мысль Контрреформации подытожил Роберто Беллармино в Рассуждениях о спорных вопросах христианской веры... (1586–1589), представлявших собой ответ католичества на вызов раннего протестантизма. Папа Павел III и его преемники возглавили католические силы; наиболее энергичными из католических вождей были Пий V (1566–1572) и Сикст V (1585–1590). В сотрудничестве с ними выступили католические государи Европы, и прежде всего Филипп II Испанский (1556–1598), баварские герцоги Виттельсбахского дома и император Фердинанд II (1619–1637). Орудиями Контрреформации стали инквизиция (при Павле III, в 1542, в Риме создана ее верховная инстанция – Священная конгрегация Римской и вселенской инквизиции, или Священная канцелярия) и Индекс запрещенных книг. Ведущую роль сыграли новосозданные монашеские ордена – капуцинов и иезуитов.

Контрреформации удалось остановить экспансию протестантизма на большей части Европы, где до начала промышленной революции численное превосходство католиков над протестантами было даже больше, чем в 20 в. В Испании и Италии успех был полным, в Ирландии и Польше – близок к этому, хотя в данных странах (особенно в Польше) протестантизмом была охвачена изрядная часть духовенства. Провал ожидал Контрреформацию в скандинавских странах, Англии и Шотландии: и если в Англии и Шотландии многочисленная группа католиков выжила благодаря исключительному терпению верующих, то в скандинавских странах Римско-католическая церковь полностью утратила свои позиции. Во Франции после кровопролитных религиозных войн в 16 в. был достигнут компромисс, выразившийся в Нантском эдикте (1598), который предоставлял гугенотам право свободного исповедания их религии и сохранял за ними большинство гражданских прав. В 1685 Людовик XIV отменил Нантский эдикт и изгнал из Франции всех протестантов, которые отказались подчиниться. В Германии и Австрии, где к 1550 девять десятых населения отошли от Рима, в ходе Контрреформации под руководством Петра Канизия удалось остановить распространение протестантизма и отвоевать значительное число верующих; сходных успехов католики добились в Швейцарии, Венгрии, Чехии и других частях Центральной Европы. В Нидерландах лояльность к Риму вынудила Южные провинции отделиться от Северных и сохранить верность Испании, в результате чего возникли протестантская Голландия и католическая Бельгия.

В ходе Тридцатилетней войны (1618–1648) католицизм, казалось, торжествовал в Германии, но ситуация резко изменилась, когда французские войска по приказу кардинала Ришелье и шведские войска под водительством короля Густава Адольфа вступили в войну на стороне протестантов. Вестфальский мир (1648) закрепил религиозный раскол Западной Европы.