В начальный период своей деятельности Баур пытался с позиций рационализма дать объяснение сверхъестественным событиям и представлениям, о которых идет речь в Новом Завете (боговоплощение, искупление, Троица, чудеса, воскресение Иисуса Христа, его вознесение и прославление). Однако к концу своего пребывания в Блаубойрене его взгляды претерпели изменение под влиянием вышедшего в 1821 труда Шлейермахера Христианская вера и философии истории Гегеля. Трансформация его взглядов и метода истолкования христианского вероучения отчетливо прослеживается в книге Баура Символика и мифология, или Естественная религия древности (Symbolik und Mythologie oder die Naturreligion des Alterthums, 1824–1825). Главные произведения теолога написаны позднее: Христианское учение о примирении в его историческом развитии вплоть до новейшего времени (Die christliche Lehre von der Vershnung in ihrer geschichtlichen Entwickelung bis auf die neueste Zeit, 1838), Христианское учение о Троице и боговоплощении в его историческом развитии (Die christliche Lehre von der Dreieinigkeit und Menschwerdung Gottes in ihrer geschichtlichen Entwickelung, 3 тома, 1841–1843). В свое время Баур считался наиболее авторитетным исследователем истории догматов.

В работе Христианство и христианская церковь первых трех столетий (Das Christenthum und die christliche Kirche der drei ersten Jahrhunderte, 1853) Баур использовал гегелевскую триаду – тезис, антитезис, синтез. Христианство Петра (петринизм), или иудеохристианство – тезис; христианство Павла (паулинизм) – антитезис; ортодоксальное (правоверное) христианство – синтез. Однако такой подход требовал пересмотра истории создания новозаветных писаний: Баур признает подлинность только четырех посланий Павла (Послание к Галатам; Первое и Второе послания к Коринфянам; Послание к Римлянам, за исключением последних его глав). Другие книги Нового Завета (кроме Апокалипсиса) он относит ко 2 в. Тогда Евангелие от Матфея оказывается иудеохристианским, Евангелие от Луки – паулинистским, а Деяния апостолов и Евангелие от Иоанна – результатом примирения крайностей иудеохристианского и паулинистского вариантов. В соответствии с этим Баур истолковывает т.н. ранний католицизм (период формирования во 2 в. организации и вероучения раннехристианской церкви) как компромисс между модифицированным иудеохристианством и христианством Павла.