Первой крупной научной работой Бедье была его докторская диссертация Фаблио, очерк популярной литературы и литературной истории Средних веков (Les Fabliaux, tudes de littrature populaire et d'histoire littraire du moyen ge, 1893, переиздания 1894 и 1924), в которой он опроверг преобладавшие тогда теории восточного происхождения повествовательного жанра фаблио (фабльо) и убедительно доказал, что тот возник во Франции 13 в. и тесно связан с общественным и литературным климатом своего времени. Его следующая книга, Роман о Тристане и Изольде (Le Roman de Tristan et Iseult, 1900), вольная реконструкция романа о Тристане, относящегося к 12 в., принесла ему мировую писательскую славу. Это был шедевр французской прозы, в создании которого равно участвовали ученость и литературный талант. Двумя годами позже Бедье опубликовал первый том своего издания Романа о Тристане (в двух томах, 1903–1905), которое послужило ценнейшим вкладом в изучение ранних форм средневекового рыцарского романа. Бедье неопровержимо доказал, что все известные версии этого сюжета восходят не к бесформенному корпусу кельтских сказок, как считалось прежде, а к одному утраченному источнику – французской поэме 12 в.

Высшим достижением Бедье в исследовании эпической литературы было критическое издание Песни о Роланде (Chanson de Roland, 1922). Оно включает перевод текста Песни на современный французский язык, который, помимо того что проясняет оригинал, и сам по себе обладает высокими поэтическими достоинствами. Бесстрашный консерватизм, проявленный Бедье при обращении с сохранившейся старинной рукописью Песни о Роланде, может служить образцом бережности в отношении к тексту. Умер Бедье в Ле-Гран-Серре 29 августа 1938.