Туту выступил с заявлением, что апартеид «столь же порочен, жесток и аморален, как коммунизм или нацизм». Совет церквей оказывал помощь семьям политических заключенных и пострадавших во время демонстраций. Большая часть средств поступала от зарубежных жертвователей, в основном западноевропейских церквей. Государственные чиновники обвинили Совет в том, что его деятельность способствует достижению целей запрещенного АНК. В 1984 было проведено судебное расследование, в результате Совету было запрещено получать средства из-за рубежа.

4 февраля 1985 Туту был рукоположен епископом Йоханнесбурга и быстро выдвинулся как защитник интересов коренного населения Южной Африки. В марте 1985 он потребовал, чтобы правительство выступило с конкретными планами по демонтажу системы апартеида и определило четкие сроки их реализации. Туту осудил правительственную декларацию о введении чрезвычайного положения в июле 1985 как «типичное ответное действие тоталитарного режима». Вскоре он пришел к выводу, что шансы на мирные перемены в Южной Африке практически равны нулю, и призвал к международным экономическим санкциям. Однако, когда в сентябре 1985 президент Рейган объявил о введении санкций, Туту назвал его «отъявленным расистом». 7 сентября 1986 Туту стал архиепископом Кейптауна и первым африканским примасом Англиканской церкви юга Африки (включающей 1,6 млн. членов). Покинул этот пост в 1996.

Туту продолжал критические выступления против апартеида на всем протяжении 1980-х годов. После избрания в 1989 Де Клерка, который сделал первые шаги на пути ликвидации системы апартеида, Туту активно включился в процесс перехода к системе правления африканского большинства. В 1993 первым призвал к прекращению конфликтов между АНК и Партией свободы Инката.

В 1996 Туту стал председателем южноафриканской Комиссии по выяснению правды и примирению, разбиравшей дела о злоупотреблениях во времена апартеида. В 1997 объявил, что уходит с этого поста по причине болезни, однако, проведя курс лечения, вновь приступил к своим обязанностям в Комиссии.