Твердый сторонник федерализма, Трюдо противостоял любым попыткам усилить политическую роль провинций. В избирательной кампании 1963 выступал против либералов, оставаясь на платформе новых демократов. В 1965 с двумя политическими союзниками, Ж.Пелетье и Ж.Маршаном, вступил в Либеральную партию с намерением реформировать ее изнутри.

В 1967 премьер-министр Пирсон назначил Трюдо министром юстиции и генеральным прокурором. От имени правительства Трюдо выступал в качестве главного оппонента квебекского премьера Д.Джонсона, пытавшегося добиться особого статуса для Квебека. В апреле 1968 Трюдо был избран лидером Либеральной партии и стал премьер-министром.

В 1972 партия Трюдо оказалась в меньшинстве в парламенте, однако оставалась у власти вплоть до поражения на выборах в мае 1979. В декабре 1979 консервативное правительство Джо Кларка внезапно потерпело поражение в ходе парламентского голосования по бюджету. Вновь став премьер-министром, Трюдо оставался на этом посту следующие четыре с половиной года. В 1982 выступил инициатором изменений в федеральной конституции с целью положить конец полномочиям британского парламента. Столкнувшись с оппозицией, Трюдо мобилизовал лоббистские группы на поддержку Хартии прав и свобод (как части конституции). В июне 1984 Трюдо ушел в отставку с поста премьер-министра и лидера партии. До конца жизни занимался юридической практикой.

Умер Трюдо в Монреале 28 сентября 2000.