В последние годы правления президента Сукарно (1963–1965) Сухарто возглавлял Стратегическое командование индонезийской армии. Во время неудавшегося путча левых сил 30 сентября 1965 оказался высшим по званию армейским офицером, оставшимся в живых или не захваченным восставшими. Ответственность за путч была возложена на компартию Индонезии при поддержке президента Сукарно, и в последовавшие полгода с одобрения Сухарто были смещены со своих постов и убиты от полумиллиона до миллиона индонезийцев, которых подозревали в связях с коммунистами.

Воспользовавшись антикоммунистическими демонстрациями студентов, Сухарто в марте 1966 взял на себя руководство правительством, в марте 1967 был объявлен исполняющим обязанности президента, а в марте 1968 избран президентом. В 1973, 1978, 1983, 1988, 1993 и 1998 переизбирался на пост главы государства. Созданная им правящая партия Голкар на парламентских и местных выборах неизменно получала большинство голосов. В стране фактически установился режим авторитарной власти с доминированием военных во всех областях общественной жизни. Во внутренней политике Сухарто приветствовал приток иностранных инвестиций, а уже в начале 1970-х годов ему удалось остановить инфляцию и добиться положительных сдвигов в экономике. Индонезия вернулась в ООН, в 1967 стала членом-основателем АСЕАН. В конце 1975 индонезийские войска оккупировали Восточный Тимор, бывшую португальскую колонию, на которую претендовала Индонезия, считавшая ее своей исконной провинцией.