В первые месяцы пребывания на посту генерального секретаря Бутрос Гали предложил концепцию «построения мира» вместо концепции «поддержания мира». К середине 1993 он посетил 19 стран и провел инспекцию 13 миротворческих операций. В 1994 безуспешно пытался провести решение о военном вмешательстве ООН в гражданскую войну в Руанде. В 1996, несмотря на возраставшую непопулярность среди стран-членов ООН, в частности США, Бутрос Гали объявил о своем намерении баллотироваться на второй срок. Однако США использовали право вето, и генеральным секретарем был избран дипломат из Ганы Кофи Аннан (январь 1997). После выхода на пенсию Бутрос Гали выступал с резкой критикой некоторых инициатив ООН, в том числе в отношении Ирака.