Существует много разновидностей халцедона, отличающихся по окраске и строению агрегата: розовый и мясокрасный – сердолик (карнеол), коричнево-красный – сардер (сард), яблочно- или изумрудно-зеленый – хризопраз, луково-зеленый или серовато-зеленый – плазма, голубовато-серый – сапфирин; агатом называют разнообразноокрашенные халцедоны с концентрически-полосчатым строением, дендрагатом – халцедон с дендритовыми древовидными включениями, оникс подобен агату, но его светлые и темные полосы плоскопараллельны. Сардоникс – разновидность оникса с чередованием темно- и светло-коричневых полос. Некоторые разновидности агата (преимущественно с темно-серыми и светло-серыми полосами) искусственно окрашивают в зеленый, красный, коричневый, синий или черный цвет, это прекрасно удается благодаря небольшому различию в пористости отдельных полос, что обусловливает различную степень абсорбции красителя, поэтому и у окрашенных агатов сохраняется первоначальный рисунок. Обычно халцедоны полупрозрачны, иногда просвечивают. Твердость 7, плотность 2,6. Кристаллов халцедон не образует. Характерные формы выделения: прожилки, корки, почковидные, гроздьевидные формы, выполнения миндалин в вулканических породах.

Халцедон и особенно его цветные разновидности широко используются как ювелирно-поделочные камни. Старейший центр обработки агатов в Европе – Идар-Оберштейн в Германии. Агат и халцедон используются в технике как антиабразивы для изготовления ступок, опор в точных приборах и др.

Ведущие поставщики агата и халцедона – Индия, Бразилия и Уругвай, Мадагаскар, США, а также Канада и Казахстан (хризопраз). В России наиболее красивые агаты известны на Чукотке, Тимане и в Сибири. Уникальные выделения халцедона встречаются в окрестностях Москвы.