Последние годы 18 в. и первые годы 19 в. сложились для Керубини неудачно: он болел, терпел нужду и не пользовался расположением властей. Композитор продолжал сочинять оперы, однако главными в его творчестве стали церковные жанры, среди них известная месса фа мажор и столь значительные сочинения, как месса ля мажор и реквием до минор. В конце концов, творчество Керубини получило общественное признание, а сам он в 1816 стал придворным музыкантом и суперинтендантом Королевской капеллы, а в 1822 – директором Парижской консерватории; занимал эту должность почти до конца жизни. Умер Керубини в Париже 15 марта 1842.