В 1941–1943 Перон был одним из руководителей, если не главой т.н. Группы объединенных офицеров, которые выдвинули лозунг «За великую Аргентину», утверждали, что Аргентина должна занять доминирующую роль на южноамериканском континенте, и открыто поддерживали нацистов. В июне 1943 высшие военные чины при участии Перона совершили государственный переворот. Пришедший к власти генерал Педро Рамирес распустил парламент, запретил многие политические партии, ввел цензуру, изгнал из армии офицеров, принадлежавших к оппозиционным организациям. Перон, занимавший посты министра труда (1943–1944), военного министра и вице-президента (1944–1946), вскоре понял, что военному режиму необходима социальная база. На основе консультаций с лидерами профсоюзов была разработана программа реформ в социальной сфере. Перон всячески поощрял создание новых профсоюзов, провел реформу законов о труде и социальном обеспечении.

Непосредственную выгоду от своей деятельности Перон получил в октябре 1945, когда группа офицеров сместила его с поста вице-президента. Перон был заключен в тюрьму. Тогда профсоюзы фактически блокировали столицу. Мятежные офицеры не смогли сформировать правительство и вынуждены были освободить Перона. 24 февраля 1946 Перон одержал убедительную победу на президентских выборах.

Став президентом, Перон предложил новый свод законов о труде и социальном обеспечении и выдвинул программу индустриализации страны. Одновременно были введены фиксированные цены на сельскохозяйственную продукцию. Свобода слова была ограничена, образовательная система подчинена задачам перонистской пропаганды. Государственных служащих поощряли к вступлению в Перонистскую партию, созданную в 1947.

С помощью своей жены, бывшей актрисы Евы Дуарте (1919–1952), Перон провел чистку профсоюзов и заменил практически всех лидеров, которые способствовали его приходу к власти. Однако большинство рабочих по-прежнему видело в нем своего благодетеля, а профсоюзы оставались опорой диктатуры вместе с армией, также подвергшейся чистке.

Однако именно в армии зрело недовольство властью Перона. Терпению военных пришел конец в 1954, когда Перону пришла в голову идея установить контроль над церковью. После неудавшегося мятежа на флоте в июне 1955 Перон чуть ослабил бразды правления, однако вскоре натянул их еще сильнее, чем прежде. Новый мятеж моряков, вспыхнувший в сентябре того же года, был поддержан военно-воздушными силами и частями сухопутной армии. Перон был вынужден уйти в отставку и эмигрировать.

Находясь в изгнании, Перон продолжал участвовать в политической жизни Аргентины через своих сторонников, снабжая их деньгами и инструкциями. В ходе президентских выборов 1958 перонисты образовали Хустисиалистскую партию и провели своего кандидата Артуро Фрондиси. На выборах 1962 им удалось получить ряд губернаторских кресел и составить самую крупную фракцию в конгрессе, однако результаты выборов были вскоре аннулированы, а Хустисиалистская партия запрещена. Генерал Алехандро Лануссе, захвативший власть в 1971, обещал провести выборы и легализовал запрещенные политические партии. Хотя Перону было отказано в праве выдвижения на пост президента, он в 1972 вернулся в Аргентину, однако через несколько недель уехал, не сумев уладить разногласия в среде своих сторонников. На выборах 1973 победил выдвиженец Перона – Эктор Кампора. В июне 1973 Перон вновь приехал в Аргентину. Кампора подал в отставку. На новых выборах в сентябре 1973 Перон набрал 62% голосов и стал президентом, а его вторая жена Мария Эстела Мартинес де Перон – вице-президентом. Умер Перон в в Буэнос-Айресе 1 июля 1974.