В течение нескольких лет Нельсон выступал в роли главного советника при Бурбонах. Его советы были не всегда хороши; в частности, они привели к неудачной сухопутной кампании против французской армии, за которой последовало падение Неаполя. Когда в 1799 город был возвращен короне, Нельсон оказал Бурбонам военную поддержку в расправе с французами и республиканцами.

Поздней осенью 1800 Нельсон возвратился в Англию и вскоре принял участие в морской операции под командованием сэра Хайда Паркера. Уничтожение датского флота в битве у Копенгагена 2 апреля 1801 стало наиболее трудной военной задачей в его жизни. Паркер передал ему тактическое руководство атакой. За одержанную победу Нельсон был удостоен титула виконта.

Во время кратковременного Амьенского мирного договора 1802 между Англией и Францией Нельсон жил в загородном доме в Мертоне (графство Суррей), который купил в 1801, разделив расходы с сэром Уильямом и леди Гамильтон. Смерть сэра Уильяма в 1803 совпала с началом новой войны с Францией. Нельсон был назначен главнокомандующим английским флотом в Средиземном море. В течение многих месяцев блокировал французский флот в Тулоне, находясь на флагманском корабле «Виктори».

В 1805 французам удалось прорвать блокаду, соединиться с испанской эскадрой, вышедшей из Кадиса, и взять курс на Вест-Индию. Эскадра Нельсона пустилась в погоню. Приближение противника напугало французов и вынудило их вернуться в Европу. Наполеон надеялся, что адмирал П.Вильнёв сможет обеспечить контроль над Ла-Маншем в течение того времени, которое потребуется для высадки на побережье Англии. Однако все произошло иначе. Нельсон упустил свою жертву; Вильнёв отступил к Кадису на атлантическом побережье Испании близ Гибралтара; после трехнедельного отпуска Нельсон вновь возглавил английский флот, блокировавший Кадис. 21 октября 1805 у мыса Трафальгар одержал победу над французами и испанцами, однако в час триумфа погиб от случайной пули.