В правление Зенона империю неоднократно потрясали беспорядки и войны. Зенон пробыл на троне всего несколько месяцев, когда его заставил бежать из Константинополя мятеж, поднятый вдовствующей императрицей Вернией и ее братом Василиском. Василиск захватил власть, но в 477 Зенон с легкостью его сверг. В последующие годы произошел целый ряд новых восстаний, а извне Зенону угрожало вторжение остготов. Чтобы спасти себя и столицу, Зенон в 487 побудил их вождя Теодориха вторгнуться в Италию, в результате чего сделался свидетелем образования там могущественного готского королевства. В 482 Зенон опубликовал знаменитый указ Генотикон, имевший целью примирение с монофизитами. Однако указ этот вызвал продолжавшийся с 484 по 519 раскол с Римской церковью, которая настаивала на неукоснительном следовании решениям Халкидонского собора 451, осудившего монофизитство.