Микоплазмы широко распространены в природе. Некоторые из них живут как сапрофиты на органических остатках или паразитируют в тканях более сложных организмов, не причиняя последним вреда. Однако известно множество видов микоплазм, вызывающих заболевания позвоночных, насекомых и растений, и несколько видов – возбудителей болезней человека. Наибольшее значение имеет Mycoplasma pneumoniae – распространенный инфекционный агент, вызывающий у человека заболевания дыхательных путей, в том числе пневмонию. Интерес к изучению микоплазм особенно возрос после того, как было выдвинуто предположение, что микоплазмы могут быть фактором, способствующим развитию СПИДа.

По-видимому, микоплазмы были впервые выделены в 1898 во Франции как возбудители плевропневмонии коров. Позже было установлено, что сходные микроорганизмы вызывают самые разнообразные заболевания, включая особые формы пневмонии, в том числе у людей. Эту группу возбудителей сходных инфекций первоначально обозначали PPLO (от начальных букв английских слов: PleuroPneumonia-Like Organism), и только позже они были классифицированы как микоплазмы. Название M. pneumoniae было дано в начале 1960-х годов.

Микоплазмы относят к классу Mollicutes. Термин «микоплазма» обычно используют применительно к любому представителю этого класса микроорганизмов, но, согласно классификации, род Mycoplasma – лишь один из двух основных родов в составе класса Mollicutes.