Наиболее яркими в творческой жизни Асафьева стали 1920–1930-е годы, когда он создал масштабный цикл работ о русской музыке: Симфонические этюды (1922), Письма о русской опере и балете (1922), Русская музыка от начала XIX столетия (1930), монографии и статьи о Глинке, Мусоргском, Чайковском, Глазунове и др. В 1941–1943, находясь в блокадном Ленинграде, Асафьев написал обширный (и до сих пор полностью не опубликованный) цикл работ Мысли и думы, где обобщил свои наблюдения над русской музыкой в контексте русской жизни, отечественной культуры и истории. Большой интерес представляет также цикл очерков Асафьева о русской живописи (издан в 1966).

Личный друг Прокофьева, Асафьев стал одним из первых пропагандистов его творчества еще в дореволюционный период; в конце 1920-х годов написал первую работу о И.Ф.Стравинском. Будучи одним из самых активных членов ленинградского отделения Ассоциации современной музыки, посвятил ряд статей творчеству современных западных композиторов, в том числе Альбану Бергу, Паулю Хиндемиту, Эрнсту Кшенеку.

Существенно важным для творчества Асафьева имеют исследование Музыкальная форма как процесс (книга 1 – 1930, книга 2 – 1947), где изложена теория интонации как специфической формы проявления мысли в музыке; сама музыка определяется как «искусство интонируемого смысла». Там же обосновывается введенное Асафьевым в науку понятие симфонизма как метода художественного обобщения в музыке.

Композиторское наследие Асафьева очень велико: 28 балетов, 11 опер, 4 симфонии, романсы, камерные инструментальные произведения, музыка к драматическим спектаклям. Большая часть сценических произведений написана на сюжеты из русской классической литературы (балеты по Пушкину Бахчисарайский фонтан, Кавказский пленник, Барышня-крестьянка, балет по Лермонтову Ашик-Кериб, опера по Лермонтову Тамбовская казначейша и др.). Наибольшей известностью пользовался балет Пламя Парижа (1932), где использованы мелодии эпохи Французской революции и произведения композиторов той эпохи. Асафьев инструментовал оперу Мусоргского Хованщина по полному авторскому клавиру, восстановленному П.А.Ламмом (1882–1951); способствовал постановке оперы Мусоргского Борис Годунов в авторской редакции (Ленинград, 1928; впервые после премьеры в 1874), сделал новую редакцию неоконченной оперы А.Н.Серова Вражья сила и т.д.

Музыковедческие работы Асафьева представлены в пятитомнике Избранные труды, а также в выходивших в разное время сборниках его статей, в переизданиях опубликованных при жизни книг и др., однако полностью музыковедческое наследие Асафьева до сих пор не издано.

Асафьев Б.В. Избранные труды, тт. 1–5. М., 1952–1957
Асафьев Б.В. Музыкальная форма как процесс, кн. 1–2. Л., 1971
Асафьев Б.В. Книга о Стравинском. Л., 1977