Хонеккер сыграл важную роль в объединении КПГ и социал-демократов в советской зоне оккупации, что привело к созданию в 1946 Социалистической единой партии Германии (СЕПГ). Был избран в центральный комитет новой партии. С 1958 стал членом политбюро СЕПГ, в мае 1971 сменил В.Ульбрихта на посту первого секретаря партии. В октябре 1976 стал председателем государственного совета, главой Германской Демократической Республики (ГДР).

Хонеккер в большей степени, чем его советские наставники, сопротивлялся проведению реформ внутри страны, укрепляя репрессивный режим. 18 октябре 1989 вынужден был уйти в отставку. В декабре того же года был обвинен в злоупотреблении властью, коррупции и личном обогащении, но резкое ухудшение здоровья Хонеккера помешало привлечь его к суду. В конце 1990, после объединения Германии, обвинения были расширены – на Хонеккера возлагалась ответственность за расстрел перебежчиков у Берлинской стены. В марте 1991 Хонеккер уехал в Москву, где оставался до июля 1992. Судебный процесс был отменен из-за ухудшения здоровья обвиняемого. В январе 1993 Хонеккер получил разрешение на выезд в Чили. Умер Хонеккер в Сантьяго (Чили) 29 мая 1994.