Игру актера отличает убедительность речевой интонации – это и не театральный надрыв, когда слова произносят с особой подачей, но и не бытовая скороговорка, с 1970-х годов все больше проникавшая в кинематограф и разрушавшая его стилистику. Актер, как правило, играет «простых» людей, но кто бы ни были его герои – разрывающийся от нагрузок вожатый Петя из фильма Звонят, откройте дверь (1965) или матрос Володя из фильма Красная площадь (Два рассказа о рабоче-крестьянской армии, 1970), – все они имеют собственный духовный мир, систему взглядов, симпатии и антипатии. Никоненко также запомнился по ролям милиционера Петра Зыкова, героя фильма Инспектор ГАИ (1982), по таким лентам, как Парад планет (1984) и Анкор, еще анкор! (1992) режиссеров В.Абдрашитова и П.Тодоровского, а также Завтра была война (1987) и Пиры Валтасара, или ночь со Сталиным (1989).

Интерес к быту, желание работать с добротным материалом, иногда разыгранном на грани фарса, характерен для раннего этапа работы Никоненко-режиссера (несколько фильмов поставлены по прозе В.Шукшина, В.Белова, Е.Носова). Высоко оценены картины Петрухина фамилия (1971, Почетный диплом МКФ к/м фильмов в Оберхаузене, 1972; Приз за лучшую режиссуру на КФ студенческих фильмов во ВГИКе, 1972; Диплом за лучшую студенческую работу на МКФ к/м фильмов в Гренобле, 1974), Птицы над городом (1974), Трын-трава (1976; наравне с фильмом Раба любви Н.Михалкова признан лучшим фильмом на КФ молодых кинематографистов к/с «Мосфильм», 1976). Режиссерские работы Никоненко, относящиеся к 1990-м годам, – во многом дань периоду «рыночного кино», однако они собрали большую зрительскую аудиторию и оправдали себя в прокате.