Приняв участие в конкурсах на московские Дворец советов и Дворец радио (1932–1933), переехал в Москву. С 1934 проектировал станции московского метро – «Дворец Советов» (ныне «Кропоткинская»; совместно с Я.Г.Лихтенбергом; 1935; Сталинская премия 1941), «Площадь Революции» (1935–1937), «Маяковская» (1938–1939), «Завод имени И.В.Сталина» (ныне «Автозаводская», 1940–1943; Сталинская премия 1946), «Новослободская» (совместно с А.Ф.Стрелковым; 1953). Подземная архитектура этих станций – прежде всего, «Кропоткинской» и «Маяковской» – принадлежит к знаковым образцам «сталинской неоклассики», которая сближается здесь (благодаря гармоничному сочетанию авангардных конструкций, в частности стальных опор на «Маяковской», впервые заменивших опоры бетонные, с более традиционным декором) с международным «ар деко».

Душкин был главным архитектором Метропроекта и Метростроя (1941–1943), а также Центральной архитектурной мастерской Наркомата (потом Министерства) путей сообщения СССР (с 1943). Исполненные под его руководством проекты легли в основу целого ряда вокзальных зданий, решенных в духе послевоенного российского «стиля триумф» (вокзалы в Симферополе, 1949; Днепропетровске, 1950; Сочи, 1951; и некоторых других городах). Среди прочих его работ наиболее известны высотное здание Министерства транспортного строительства у Красных ворот (совместно с Б.С.Мезенцевым, 1947–1953; Сталинская премия 1949) и более строгий по формам универмаг «Детский мир» (1953–1957), ставший наглядным выражением «борьбы с украшательством». Душкин много работал как педагог (в 1947–1974 преподавал в Московском архитектурном институте).

Умер Душкин в Москве 8 октября 1977.