Осуществление этой идеи состоялось в царствование сына Ивана IV – Федора Ивановича. В 1586 в Москву за царской милостыней приехал патриарх Антиохийский Иоаким. Решив воспользоваться обстоятельствами этого визита, царь заявил в думе, что хочет устроить в Москве «превысочайший престол патриарший». Патриарх Иоаким вызвался довести желание царя до сведения Греческой церкви, чтобы при учреждении нового патриархата были соблюдены канонические правила, предусматривавшие участие всех восточных патриархов. В 1588 в Россию прибыл патриарх Константинопольский Иеремия. Царь ожидал, что он привез с собой постановление вселенского собора об учреждении патриаршества в русском государстве, однако на первой же аудиенции оказалось, что главная цель визита – получение денежной помощи. Тогда было решено задержать патриарха в Москве и заставить благословить учреждение московского патриаршего престола. Иеремии предложили стать патриархом Российским, оговорив при этом, что жить он будет не при государе в Москве, а в древнем Владимире и таким образом фактическим главой церкви останется русский митрополит. Как и предполагалось, Иеремия отклонил такое унизительное предложение. Поставить патриархом кого-либо из русских митрополитов он также отказался. Тогда греку дали понять, что его не отпустят из Москвы, пока он не уступит. 26 января 1589 Иеремия возвел на патриарший престол митрополита Иова, кандидатуру которого предложил царю Борис Годунов. После этого греков отпустили из Москвы, вручив им богатые дары.

Через два года Москва получила грамоту за подписью трех патриархов, 42 митрополитов и 20 епископов, утверждавшую патриаршество в России. Как показали последние исследования, большинство подписей не были подлинными. По-видимому, Константинопольская патриархия, заинтересованная в получении материальной поддержки от русского царя, поспешила подтвердить деяние Московского собора, в связи с чем и были воспроизведены подписи некоторых патриархов, не сумевших по тем или иным причинам подписать грамоту лично. Отныне патриарх Московский должен был занимать пятое место (после патриарха Иерусалимского) и поставляться собором русских епископов. Царь Федор Иванович остался крайне недоволен последним обстоятельством и направил в Константинополь грамоту, в которой напоминал об обещанном третьем месте, после Константинопольского и Александрийского патриархатов. Однако в этом вопросе вселенский собор остался непреклонным и в 1593 подтвердил свое решение о пятом месте Московского патриарха. Все подписи иерархов на грамоте этого собора – подлинные.

Основание патриаршества стало важной вехой в истории Русской церкви. Преобразование московской митрополии в патриархат закрепило факт независимости Русской церкви в нормах канонического права и в значительной степени усилило влияние Русской церкви на международной арене. Отныне ритуал поставления в сан патриарха Московского совершался в Успенском соборе московского Кремля.