В истории человечества ученый выделял три основных этапа: речную, морскую и океаническую. Первый этап характеризуется существованием цивилизаций относительно замкнутого типа в долинах крупнейших рек (Нила, Инда и Ганга, Хуанхэ и Янцзы, Тигра и Ефрата. Второй этап – это, прежде всего, средиземноморская цивилизация. Океанический этап знаменует начало формирования единой общечеловеческой цивилизации. Мечников считал, что на «океаническом» этапе существенную историческую роль будут играть не только страны Запада, но и, например, Япония. Особая историческая судьба – у России как державы континентальной, принципиально не сводимой ни к «западному», ни к «восточному» типу. Перспективы социально-экономического развития России Мечников связывал с формированием мощного промышленного потенциала.

Умер Мечников в Невшателе (Швейцария) 18 июня 1888.