Апологии федоровского учения была всецело посвящена публицистика Кожевникова. В брошюре Бесцельный труд, «неделание» или дело? (1893) он критиковал Л.Н.Толстого за «фатализм», проповедь «непротивления» и социальной пассивности. Всему этому противопоставлял философию «общего дела» Федорова и ее важнейший постулат о необходимости «воскрешения отцов». Даже его обращение в эти годы к поэтическому творчеству было связано с опытом своеобразной поэтической апологии федоровских идей. О необходимости сохранения живых связей с культурным прошлым, о продлении жизни памятников русской старины, о связях мировых культурных традиций Кожевников писал в статьях Плач церквей московских, Стены Кремля, в культурно-исторических очерках Святая София, Цареградский музей, Северно-русские думы и впечатления и др.

В конце 1890-х годов Кожевников публикует свое главное сочинение –Философия чувства и веры в ее отношении к литературе и рационализму XVIII века и к критической философии (1897). Большую часть книги составил анализ учения немецкого философа И.Гамана. В ее заключительной части автор предпринял попытку изложения основных принципов философии Н.Федорова, которую провозгласил «философией будущего». Наиболее детально федоровское учение было изложено им в книге Николай Федорович Федоров. Опыт изложения его учения по изданным и неизданным произведениям, переписке и личным беседам (1908). Кожевников был не во всем согласен с Федоровым и даже готов был признать в его учении попытку «рационализации христианства» (в письме Петерсону). В то же время он был убежден в возможности «примирения» федоровских идей с христианством. Вместе с Петерсоном был редактором-издателем рукописи Н.Федорова Философия общего дела (название было предложено Кожевниковым).

В конце 1900-х годов Кожевников сближается с группой московских богословов и религиозных философов (Новоселовский кружок) – М.А.Новоселовым, Ф.Д.Самариным, С.Н.Булгаковым, П.А.Флоренским и др. В ходе полемики вокруг афонского имяславия (1912–1913) был склонен признать правоту его сторонников. Итогом религиозно-философских изысканий Кожевникова стала книга Буддизм в сравнении с христианством (1916). В книге критиковались попытки сблизить буддизм и христианство, опровергалась версия об историческом родстве этих религий.

Умер Кожевников под Москвой 3 (16) июля 1917.