Царские вопросы, направленные к тому, чтобы искоренить ереси и народные суеверия, укрепить благочиние (с помощью исправления погрешностей и разночтений в богослужебных книгах, а также тщательного обоснования и унификации обрядов и уставов), принять меры к развитию религиозного образования, вызывали самое благожелательное внимание со стороны иерархов. Однако в проблеме монастырского землевладения мнения церкви и самодержавия столкнулись: хотя царь и склонен был (вероятно, под влиянием некоторых своих приближенных из т.н. Избранной рады – прежде всего, священника Сильвестра) поддержать «нестяжателей», в целом возобладало мнение церковно-иерархического большинства, состоящего из «иосифлян», приверженных идее экономически-сильных и самостоятельных монастырей (правда, права последних были все же несколько ограничены Стоглавом: им было запрещено, в частности, основывать новые слободы в городах). Церкви удалось отстоять и правомочность особого святительского суда, независимого от светской власти.

Предписания Собора, скрупулезно регламентирующие как проблемы гражданской и духовной юриспруденции, церковную обрядность, правила иконописания, нормы жизни белого и черного духовенства, так, по мере возможности, и народный быт в целом, охватывают огромное число тем – от полемики по поводу вероисповедных догматов с «еретиками» до критики различных житейских обычаев (таких, к примеру, как скоморошьи игрища, брадобритие или употребление в пищу колбасы), – обычаев, которые отвергались как безнравственные (считалось, что безбородость способствует содомскому греху) или как откровенно-языческие. На основе Стоглава рассылались специальные наказы и поучения, которые в целом, впрочем, не были строго кодифицированы.

Обнажив разнобой и «бесчинства» в церковных службах, Собор – ни в коей мере не будучи реформаторским, но, напротив, охранительным – тем не менее усилил тягу к религиозному просвещению. Однако Стоглав по большому счету так и остался именно обзором обычаев и рекомендаций, а не сведенным воедино кодексом законов (его сохранившиеся списки, хотя и многочисленные, содержат массу внутренне-структурных разноречий). Ссылки же на его решения (в особенности о каноничности двуперстного крестного знамения и «сугубой», т.е. двойной аллилуйи в соборных молитвах) как на церковные законы впоследствии способствовали расколу. В любом случае его тексты остаются ценнейшим источником сведений о церковной и светской истории русского 16 в.

См. также РАСКОЛ.