Родился в Москве. В юности был «скорописцем», т.е. переписчиком книг. Постригся в Кирилло-Белозерском монастыре, приобщившись там к жизни и учению «заволжских» (т.е. монашествующих на другом – по отношению к Москве – берегу Волги) старцев. Совершил путешествие в Палестину и Константинополь; долго пробыл на Афоне, всецело проникшись впечатлениями аскетизма, молитвенного «умного делания». Испытал глубокое воздействие византийского исихазма, в том числе идей Симеона Нового Богослова (11 в.) и Григория Синаита (14 в.). Вернувшись на родину (между 1473 и 1489), основал обитель поблизости от Кириллова. Идеалом монашеской жизни стало для него не характерное в ту пору для России скитское житие (небольшими группами иноков), которое Нил считал наилучшим, «царским путем» аскезы в сравнении с общежитием (киновией) и отшельничеством. Сурово осуждал роскошь церковного убранства, «серебро и злато», всякого рода «стяжание», т.е. экономическую экспансию церкви в мир, считая, что монахи должны довольствоваться исключительно плодами собственного труда. Не одобряя фанатического изнурения плоти, призывал сосредоточиться на внутреннем мире души, усмиряемой в ее греховных порывах посредством «умной», психологически-сконцентрированной молитвы; проповедовал также мягкость в отношении к еретикам, считая тех из них, кто раскаялся, «мучениками».