Расположен в Кирилловском районе Вологодской области, неподалеку от Кирилло-Белозерского монастыря, на невысоком холме между озерами Бородавское и Пасское. Основан в 1398 преподобным Ферапонтом Белозерским, который пришел в эти края вместе с Кириллом Белозерским из московского Симонова монастыря. Расцвет обители приходится на 15–16 вв.; в Смутное время наступил ее упадок; в 1798 обитель была закрыта. В 1903 по указу Св. Синода монастырь был возобновлен, но уже не в виде мужского, как первоначально, а как женский.

Въезд в монастырь оформлен Святыми воротами с двумя шатровыми надвратными церквами Богоявления и Ферапонта (1649). Внутри композиционно доминирует одноглавый (первоначально двуглавый) собор Рождества Богородицы (1490), соединенный галереей с колокольней (17 в.), трапезной палатой и Благовещенской церковью со звонницей (1530–1534); к собору примыкает храм Мартиниана (1640), еще одного из белозерских святых подвижников. Из художественных ценностей монастыря особо примечательны росписи соборного интерьера, исполненные Дионисием вместе с сыновьями Владимиром и Феодосием (1502) и дошедшие до нас практически в первозданном виде.

Закрытый после октябрьского переворота 1917, с 1924 монастырь существовал как музей. С 1989 вновь проводятся службы в надвратных церквах.