Главное сочинение Лекье Разыскание первой истины (La recherche d'une premire vrit) осталось незавершенным и было опубликовано Ренувье в 1865. Ведущая идея его философии – свобода как необходимое условие не только моральной жизни, но и научного познания, поиска истины. В отличие от Декарта он отказывается видеть в cogito первичную истину, а в очевидности – критерий достоверности познания и обнаруживает основополагающую истину в свободе, открываемой сознанием как первичный принцип и условие исследования. Существование свободы доказывается при помощи «дилеммы Лекье», подобной паскалевскому «принципу пари»: истинна либо необходимость, либо свобода; здесь все решает выбор, который каждый делает, исходя из собственных оснований. Для детерминистов, понимающих действие как воздействие на объекты, существует лишь внешнее. Спиритуалисты стремятся постичь свободу во внутреннем опыте, но чувство отсутствия принуждения в действии не может быть доказательством свободы. Главный признак свободы, по Лекье, – способность упорядочивать свои мысли, сообщать им связь и единство, не принадлежащие сфере природной необходимости.

В то же время Лекье отрицал теорию свободы воли в ее традиционном понимании, полагая, что можно свободно выбрать и зло, а свобода воли не гарантирует от произвола. Знаток Библии и отцов церкви, он склонялся к признанию, что религия служит защитой от произвола. Но как примирить акт свободы, лежащий в основе творческого действия человека, со всемогуществом Бога? Эта проблема остается у Лекье не разрешенной, но в его концепции заметна тенденция сделать понятие свободы стержнем и религиозной философии, как позже поступят под его влиянием Ренувье и У.Джемс.

Умер Лекье в Плерене близ Сен-Бриё в 1862.