Машаду вел уединенную жизнь. На его творческом становлении почти не сказались литературные веяния его времени. Начинал он как драматург, однако его неброская, утонченная манера оказалась незамеченной публикой. В стихах (сборники Хризалиды – Chrysalides, 1864; Ночные бабочки – Phalenas, 1870, и др.) заметен переход от романтизма к эстетике парнасцев.

Как романист Машаду де Ассис занимает особое место в бразильской литературе. Холодный скептик, он занят прежде всего диалектикой души (известно его увлечение английскими и русскими писателями-реалистами) и потому находит интерес в безнадежно посредственных личностях, ведущих унылое обывательское существование. В анализе этих характеров он чрезвычайно трезв и проницателен. Чуждый внешних эффектов, его стиль богат нюансами – от снисходительной терпимости к порочной и ничтожной человеческой натуре до полного, на грани отчаяния разочарования в ней. В известной трилогии Машаду Посмертные записки Браз Кубаса (Memуrias pуsthumas de Braz Cubas, 1881), Кинкас Борба (Quincas Borba, 1890) и Дон Касмурро (Dom Casmurro, 1900) с каким-то болезненным наслаждением исследуются самые темные закоулки человеческой души.

Классику бразильской литературы принадлежат также романы Йайа Гарсиа (Iai Garcia, 1878) и Исаак и Иаков (Esa e Jacob, 1904) и сборники рассказов Разные истории (Vrias Histrias, 1896) и Избранные страницы (Paginas Recolhidas, 1896).