Огромное влияние на творчество Гойтисоло оказала Гражданская война в Испании 1936–1939. В центре его романа о юных жертвах войны Ловкость рук (Juegos de manos, 1954) своего рода испанское «потерянное поколение», группа молодых бунтарей, цинично попирающих обесцененные в их глазах общественные и духовные установления. Второй роман писателя Печаль в раю (Duelo en el Paraso, 1955) подтвердил его озабоченность судьбой растерянных и ожесточенных испанских подростков. В других романах Гойтисоло переносит внимание с детей на взрослых, также пострадавших от Гражданской войны, наиболее показателен в этом отношении Остров (La isla, 1961). В Особых приметах (Seas de identidad, 1966) Гойтисоло проецирует на испанскую историю индивидуальные зарисовки психологических «типов». В Возмездии графа дона Хулиана (Reivindicacin del conde Don Julian, 1970), используя миф, смещения временных пластов и внутренний монолог, писатель представил испанского изгнанника, резко критикующего происходящее на родине. Автобиографическое Частное владение (Coto vedado, 1985) и апокалиптические Пейзажи после битвы (Paisajes despus de la batalla, 1982) проливают свет на проблематику его романов.

Помимо романов, Гойтисоло публиковал путевые очерки, рассказы и теоретические эссе о романе.