Оборонительный союз, заключенный с Англией в 1586, прошел серьезное испытание в 1587, когда королева Англии Елизавета I казнила мать Якова. Однако Яков не отказался от союза, опасаясь поставить под угрозу свои права на английский престол. В ноябре 1589 он женился на протестантке Анне, дочери короля Дании Фредерика II.

В зрелом возрасте Яков был убежден в божественном праве королей, т.е. рассматривал себя в качестве неограниченного правителя, возведенного на трон Богом. Яков был полон решимости подчинить необузданную знать и переходившее в наступление на светскую власть пресвитерианское духовенство. Главным советником Якова в течение десяти лет (1585–1595) был Джон Мейтленд из Тирлестейна. Несмотря на трудности, которые доставляла короне группа аристократов-католиков и Френсис Стюарт Хепберн, неукротимый граф Ботуэлл, пытавшийся даже похитить короля, Мейтленд сумел заложить основы абсолютизма Якова в Шотландии после 1603.

Когда 24 марта 1603 умерла Елизавета, Яков стал королем Англии – как Яков I. Во время своего правления Яков столкнулся с рядом очень непростых проблем: доходы населения уменьшились, между тем как цены выросли; парламент вел себя агрессивно и неуступчиво; церковь, которую оставила после себя Елизавета, не удовлетворяла ни пуритан, ни католиков; религиозная война на континенте была почти неизбежной.

Первая половина правления Якова была не лишена успехов. Его главным советником до 1612 оставался Роберт Сесил, граф Солсбери, здравомыслящий политик, служивший еще Елизавете. В 1604 был заключен мир с Испанией (начиная с 1585 Англия пребывала с ней в состоянии необъявленной войны). Яков поддерживал Церковь Англии в том виде, как ее учредила Елизавета. Он позволил группе пуритан, состоявших в церкви, но желавших ее преобразовать, изложить свои взгляды на церковной конференции, состоявшейся в Хэмптон-Корте в 1604. Однако большинство вопросов были разрешены королем не в их пользу, а когда один пуританин использовал злосчастное слово «пресвитерия», Яков подумал, что они помышляют о пресвитерианстве шотландского рода, которое, как сказал он, «столь же способно согласоваться с монархией, как Дьявол – с Богом». «Как только епископов отставят от власти, а на их место придут пуритане, – сказал Яков, – я знаю, что станется с моей властью. Нет епископа – нет и короля». «Если это все, что они имеют сказать, – продолжал он в ярости, повернувшись к пуританам, – я их заставлю подтвердить свою лояльность церкви – или они будут изгнаны». Наиболее счастливым следствием конференции явился новый перевод Библии, т.н. Библия короля Якова, изданная в 1611.

Католики, многого ожидавшие от Якова, были разочарованы, и несколько католических фанатиков подготовили окончившийся провалом т.н. Пороховой заговор – взрыв парламента вместе с королем, приуроченный к заседанию 5 ноября 1605. Вскоре отношения короля с парламентом обострились. Яков полагал, что стоит выше парламента и закона, однако палата общин была полна решимости подтвердить свою власть. Якову также противостоял Эдвард Кок, влиятельный судья, отстаивавший нерушимость обычного права. В 1616 Яков отстранил Кока от должности.

Вторая половина царствования Якова была периодом слабости и вырождения. Яков предоставил большие полномочия двум фаворитам: Роберту Карру, графу Сомерсету, чье падение произошло в 1615, и Джорджу Вильерсу, впоследствии герцогу Букингемскому. Шаги в направлении финансовой и административной реформы, предпринятые Лайонелом Кранфилдом, принесли только временное оздоровление, а отношения с иностранными государствами ухудшались.

Вначале союзниками Якова были протестантские или противостоявшие Испании католические государства, и в 1613 его дочь Елизавета вышла замуж за немецкого протестанта Фридриха V, Пфальцского курфюрста. Однако после 1614 Яков рассорился со старыми друзьями. Надеясь получить большое приданое в случае женитьбы сына Карла на испанской принцессе, он начал политику умиротворения испанцев. Одной из вех этого направленного по нисходящей курса явилась в 1618 казнь Уолтера Рэлея, на которой настаивала Испания. Затруднения Якова усугубились, когда в 1618 в Германии вспыхнула Тридцатилетняя война между протестантами и католиками и когда в 1620 Испания вторглась в Пфальц. В 1621 Яков созвал парламент, однако вскоре рассорился с ним – отказ парламента предоставить ему дополнительные средства сделал короля бессильным во внешней политике. Яков продолжал поддерживать идею женитьбы сына на испанке, но Карл и Букингем были яростными противниками Испании. Когда 27 марта 1625 Яков умер во дворце Теобальдз (в Хартфордшире, близ Лондона), Англия и Испания находились на грани войны.

Яков издал два тома юношеских стихотворений – Опыты подмастерья в божественном искусстве поэзии (The Essayes of a Prentise in the Divine Art of Poesie, 1584) и Опыты Его Величества в часы досуга (His Maiesties Poeticall Exercises at Vacant Houres, 1591). Позже он обратился к прозе: Демонология (Daemonologie, 1597), Истинный закон свободных монархий (The Trew Law of Free Monarchies, 1598), Царский дар (Basilikon Doron, 1599), Встречное обвинение табаку (A Counterblaste to Tobacco, 1604), Апология присяги на преданность (An Apologie for the Oath of Allegiance, 1608) и Предупреждение ко всем наиболее могущественным монархам (A Premonition to All Most Mightie Monarches, 1609).