В 1626 Карл собрал деньги помимо парламента – с помощью принудительного займа; но в 1628 парламент заставил его принять т.н. Петицию о праве, имевшую целью оградить свободу и собственность подданных от посягательств. Убийство Букингема несколько месяцев спустя слишком запоздало для того, чтобы ослабить трения между королем и парламентом, и в 1629 Карл распустил парламент и в течение 11 лет управлял страной без помощи парламента.

Чтобы усилить военно-морской флот, необходимое средство борьбы с пиратами, Карл восстановил древнюю «корабельную подать», намереваясь превратить ее в постоянный налог (1635). В 1638 шотландцы-пресвитериане подняли восстание против попытки Карла навязать Шотландии обряды и молитвенник епископальной церкви, и в ноябре 1640 королю, потерпевшему поражение и не имевшему денег, пришлось созвать т.н. Длинный парламент.

Под властным руководством Джона Пима парламент принудил короля заключить архиепископа Лода в тюрьму, а Страффорда отправить на плаху. Парламент заставил Карла упразднить Суд звездной палаты и Высокую комиссию, через которые он осуществлял свою власть, и согласиться не распускать нынешний парламент. В октябре 1641 восстали ирландцы. Парламент подозревал короля, или во всяком случае королеву, в соучастии в восстании, и потребовал, чтобы все войска, отправленные на его подавление, перешли в подчинение парламента. Король не желал поступиться правом, которое считал жизненно важным для сохранения своей власти, и в январе 1642 совершил неудачную попытку взять под стражу пять ведущих членов палаты общин и одного – палаты лордов. Последовавшие бунты заставили Карла бежать из Лондона.

И король, и парламент начали собирать войска, и гражданская война стала неизбежной. Карл поднял свой штандарт в Ноттингеме (август 1642), но после некоторых успехов его войска потерпели поражение при Марстон-Муре (1644) и при Нейзби (1645). В мае 1646 Карл, переодетый и в сопровождении всего двоих спутников, бежал из осажденного Оксфорда к шотландцам, рассчитывая на их помощь против англичан, но они согласились поддержать его только в том случае, если он примет пресвитерианство. Карл отказался и был передан парламенту.

Парламент, где были сильны пресвитериане, находился в разладе с собственной армией во главе с Оливером Кромвелем, а офицерами были главным образом индепенденты. В июне 1647 армия похитила Карла, вероятно при попустительстве Кромвеля, и вошла в Лондон. Карл затягивал переговоры и пытался привлечь на свою сторону Кромвеля. В ноябре он бежал, но был снова схвачен на острове Уайт. Весной 1648 планы Карла, казалось, начали осуществляться: в Англию вторглись шотландцы, в ряде мест произошли восстания роялистов. Армия подавила эту вторую гражданскую войну, а более умеренная группа в парламенте попыталась достичь соглашения с пленным королем в т.н. «Ньюпортском договоре». Победоносная армия, разгневанная предательством короля, была полна решимости предать его смерти. В декабре 1648 армия устроила «чистку» парламента, а в январе 1649 Карл предстал перед судом, составленным из 150 членов парламента. Король отрицал законность суда и отказался от участия в процессе, однако его приговорили к смерти как предателя и казнили в Уайтхолле 30 января 1649.