В 1941 был назначен директором психиатрического отдела службы призыва. В 1948, сотрудничая со Всемирной организацией здравоохранения и ЮНЕСКО, участвовал в организации Международного конгресса по психическому здоровью, а в 1949 – в создании Всемирной федерации психического здоровья. Салливан был убежден, что личностные расстройства обусловлены в первую очередь характером межличностных отношений. Практическим следствием представлений Салливана о межличностных отношениях стало акцентирование им роли личности психотерапевта и характера его взаимодействия с пациентом в ходе лечения. Убежденность в том, что даже глубоко пораженный разум тем не менее остается разумом, нашла применение в лечении больных шизофренией. Какой бы странной ни была система символов больного шизофренией, она трактовалась им как «попытка иного прочтения жизненного опыта». Салливан не только проводил длительные неформальные беседы с пациентами, но и принимал на работу лиц, которые имели психологические нарушения и могли в силу этого устанавливать более тонкий и доверительный контакт с пациентами.

Среди основных работ Салливана – Психопатология личности (Personal Psychopathology, 1934, опубл. в 1970); Концепции современной психиатрии (Conceptions of Modern Psychiatry, 1940); Интерперсональная теория психиатрии (Interpersonal Theory of Psychiatry, 1953); Психиатрическое интервью (Psychiatric Interview, 1954); Шизофрения как человеческий процесс (Schizophrenia as a Human Process, 1962); Синтез психиатрии и социальных наук (The Fusion of Psychiatry and Social Science, 1964).

Умер Салливан в Париже 14 января 1949.