Картины Эльсхаймера – в основном пейзажи небольшого размера со сценами на библейские или мифологические сюжеты. В последние годы жизни художник отдавал предпочтение ночным пейзажам, скорее лирического, чем драматического характера. В картине Бегство в Египет (1609, Мюнхен, Старая Пинакотека) он использует живописные эффекты лунного света и горящего костра на переднем плане. В картине Юпитер и Меркурий у Филемона и Бавкиды (1608–1609, Дрезден, Картинная галерея) действие происходит в интерьере, написанном с виртуозностью, достойной кисти Рембрандта. Сохранилось несколько гравюр Эльсхаймера. В них элементы нидерландской, венецианской и римской художественных традиций соединяются в сугубо индивидуальный и зрелый стиль. Корни искусства Эльсхаймера – в нидерландской традиции, на которую он, в свою очередь, оказал глубокое воздействие, что доказывает творчество Рубенса, Рембрандта и Сегерса. Умер Эльсхаймер в Риме в 1610.