Основные принципы пуританизма были заложены швейцарскими реформаторами Цвингли и Кальвином, которые удалили из церквей украшения и органы, заменили церковные облачения клириков на обычную одежду, упразднили хоровое пение и упростили церковное богослужение. Швейцарские реформаторы повлияли на многих английских протестантов, ездивших в континентальную Европу в поздний период правления Генриха VIII (1509–1547). Проблема впервые встала в Англии в связи с протестом Джона Хупера, не желавшего облачаться в предписанные церковные одежды, когда его посвящал в сан священника епископ Глостерский во время правления короля Эдуарда VI (1547–1553).

Рвение пуритан, желавших проводить реформы с согласия короны или без него, а также привлекательность движения для торговцев, представителей английского среднего класса, поддерживавших деловые связи с республиканской Голландией, привели к союзу пуритан, преследовавших религиозные цели, с противниками политического абсолютизма. В результате возникла оппозиция королеве Елизавете (1558–1603) и ее преемникам, Стюартам. Конфликт усугубился проблемой церковного управления: Томас Картрайт (ок. 1535 – 1603) предложил ввести швейцарскую (пресвитерианскую) форму церковного устройства, при которой церковь управляется системой пресвитерий (советов священников и мирян-старейшин), с целью избавить церковь от контроля враждебных пуританам епископов, назначаемых короной. Попытки пуритан учредить тайные пресвитерии в официальной церкви были подавлены в 1580-х годах. После восшествия на престол Якова I (1603) пуритане подали петицию королю, в результате чего была созвана Хамптонкортская конференция с участием короля, однако и эта попытка оказалась безрезультатной. Духовенство государственной епископальной церкви было обязано соблюдать предписанный порядок богослужения, а его нарушители могли лишиться своих постов.

Хотя большинство пуритан продолжали верить в возможность существования охватывающей всех церкви по пресвитерианскому образцу, неудачные попытки обеспечить согласие англиканских церковных властей на введение желаемых форм богослужения и церковного управления привели к тому, что незначительное число пуритан все же поддерживало церковный сепаратизм – стремление безотлагательно учредить независимые общины (конгрегации); правда они надеялись, что конгрегациональный тип церковного управления вскоре завоюет всеобщую поддержку и впоследствии будет насаждаться магистратами. Так среди пуритан выделилось два направления: более радикальное – индепенденты (другие названия – сепаратисты, броунисты, конгрегационалисты) и более умеренное – пресвитериане. Репрессивные меры, принятые после Хамптонкортской конференции, не только привели многих пуритан в лагерь сепаратистов, но и вынудили их эмигрировать. Часть из них отправилась в Голландию, другая, на корабле «Мейфлауэр» (1620), в Плимут (Новая Англия). В 1630-х годах многие пуритане эмигрировали в Бостон в Колонии Массачусетского залива. Хотя большинство этих пуритан были пресвитерианами, они обнаружили, что система индепендентов хорошо подходит к жизни на фронтире. По образцу пуритан из Плимута они начали учреждать церковные общины индепендентов, поддерживаемые общественными фондами.

Восстание в Шотландии, побудившее Карла I (1625–1649) созвать т.н. Долгий парламент, предоставило английским пуританам возможность для укрепления своих позиций. Их требование искоренить епископат привело к Первой гражданской войне (1642–1646). Во время конфликта пресвитериане были доминирующим религиозным элементом в рядах сторонников парламента. Их усилия по достижению согласия в области вероучения привели к появлению Вестминстерского исповедания, которое стало символом веры английских и американских пресвитериан. Однако рост антишотландских настроений, распространение духа индепендентства в рядах т.н. Армии новой модели (парламентской армии Кромвеля) и возвышение генерала-индепендента Оливера Кромвеля позволили индепендентам потеснить своих соперников в ходе Второй гражданской войны (1648). Оба течения отвергали всякого рода развлечения. Театры были закрыты, травля собаками привязанных быков или медведей запрещена, строго соблюдался воскресный покой.

Непопулярность пуританского режима вызвала реакцию, которая вскоре после смерти Кромвеля привела к реставрации Стюартов и восшествию на престол Карла II (1660–1685). Хотя пресвитериане и объединились с англиканами, приглашая короля-изгнанника вернуться в Англию, после Реставрации для пресвитериан не оставалось места в государственной Церкви Англии. С того времени они вместе с индепендентами стали называться «нонконформистами».

В 17–18 вв. пуритане были главной религиозной силой в Новой Англии. За исключением Род-Айленда, все колонии в этом регионе учредили индепендентские церкви. Несколько сдавший свои позиции в конце 18 в. после появления движения унитариев пуританизм продолжал определять религиозную жизнь Новой Англии и выходцев из нее вплоть до 19 в.

И в Англии, и в Северной Америке внимание, уделяемое пуританами образованию, нравственности и многим (если не всем) демократическим принципам, оказали сильное воздействие на мирскую жизнь.