В своем первом значительном труде Испанская наука (La ciencia espaola, 1876) Менендес-и-Пелайо пролил свет на многие забытые аспекты испанской мысли в ее соотношении с западной философией и наукой. История испанских еретиков (Historia de los heterodoxos espaoles, 1880–1882) – живая картина истории идей в Испании, написанная с точки зрения правоверного католика. Эта работа служит противовесом Испанской науке, поскольку здесь автор пытается проследить зависимость испанского инакомыслия от иностранного влияния и доказать отсутствие в нем национальных корней. В Истории эстетических идей в Испании (Historia de las ideas estticas en Espaa, 1882–1891) Менендес-и-Пелайо откладывает полемический настрой в сторону, чтобы выступить в качестве историка эстетики и критика. Способность проникновения в суть проблемы, продемонстрированная в этих томах, обеспечили ему заметное место среди европейских критиков. Им опубликованы также Происхождение романа (Orgenes de la novela, 1905–1910) и Антология лирической поэзии Кастилии (Antologa de poetas lricos castellanos, 1890–1906), включившая испано-американскую лирическую поэзию.