В период правления Бодуэна Бельгия не раз сталкивалась с серьезными проблемами, но благодаря политическим компромиссам и дальновидной политике короля и правительства удалось успешно провести деколонизацию бельгийских владений в Африке и реформу политико-административной структуры Бельгии, предотвратив распад страны и создав федеративное государство, в котором на правовой основе теперь существуют три автономных региона – Фландрия, Валлония и Брюссель – и три языковых сообщества – французское, нидерландское (фламандское) и германоязычное.

Бодуэн стремился отдалить монархию от политики и взять на себя роль беспристрастного посредника между враждующими лингвистическими общинам и трения между которыми неоднократно приводили к падению коалиционных правительств. В 1990, не желая обострять отношения с католической церковью, он заявил, что по религиозным мотивам не может поддержать закон, разрешающий аборты; тогда с его согласия бельгийское правительство приняло отставку короля (на один день), и кабинет министров, взяв на себя всю полноту власти, утвердил закон. Такое решение вопроса предотвратило конфликт с Ватиканом. Умер Бодуэн в Мотриле (Испания) 31 июля 1993. Трон занял его брат Альберт II.