Трактаты Филона подразделяют на несколько категорий. Толкование – группа сочинений, посвященных определенной теме; другая группа, Аллегории священных законов, состоит из трактатов, выстроенных на разборе ряда библейских стихов. Существует взгляд, что Толкование написано для язычников, а Аллегории для евреев, но некоторые ученые оспаривают эту точку зрения. Третья группа, Вопросы и ответы к книгам Бытия и Исхода, содержит разрозненные аллегорические толкования, являющиеся скорее предварительными заметками, чем законченными произведениями. Четвертая группа включает в себя инвективу Против Флакка, осуждающую римского префекта Авилия Флакка в Александрии за попустительство антиеврейским выступлениям в 38 или 39, Посольство к Гаю – сообщение Филона о своем участии в миссии, направленной александрийскими евреями к императору Гаю Калигуле в Рим с обвинениями против Флакка. Трактат О свободе мудреца является важным источником сведений о жизни ессеев, а сочинение О созерцательной жизни описывает в чем-то сходную с ессеями отшельническую секту египетских евреев – терапевтов.

Филон был не столько философом, сколько писателем-дидактиком, использовавшим философию во всем ее богатстве. Для него характерны повторы и отступления; систематическое изложение идей ему чуждо.

Наиболее значительным для последующего развития христианской теологии и философии явилось представление Филона о Логосе, имманентном («присущем этому миру») разуме трансцендентного («за пределами этого мира») Бога. Существует сходство этого Логоса с Логосом Евангелия от Иоанна, а также ряда ранних христологических сочинений.