У истоков неоконфуцианства стояли апологеты конфуцианства в условиях широкой популярности даосизма и буддизма – Ван Тун (6–7 вв.), Хань Юй и его ученик Ли Ао (8–9 вв.). Создавать идеологию неоконфуцианства начали «три мастера учения о принципе» – Сунь Фу, Ху Юань (конец 10 – 11 в.) и Ши Цзе (11 в.), впервые же систематизированную и тематически всеобъемлющую форму оно обрело в трудах Чжоу Дуньи. Ведущим в неоконфуцианстве стало направление его последователей и комментаторов – Чэн [братьев] – Чжу [Си] школа, первоначально оппозиционная официальной идеологии, но в 1313 канонизированная и сохранившая такой статус в Китае до начала 20 в., а в середине 20 в. породившая «новое учение о принципе» (синь ли сюэ) Фэн Юланя. Основную конкуренцию ей составила Лу [Цзююаня] – Ван [Янмина] школа, идейно доминировавшая в 16–17 вв. Соперничество школ Чэн – Чжу и Лу – Вана, отстаивавших соответственно социоцентристский объективизм и персоноцентристский субъективизм, что иногда квалифицируется посредством оппозиции «учение о принципе» – «учение о сердце», распространилось на Японию и Корею, где, как и на Тайване, в обновленных формах продолжается до сих пор. От этих главных направлений в неоконфуцианстве с самого начала отделились два более узких течения: представители первого проявляли повышенное внимание к натурфилософским проблемам и нумерологическим (см. СЯН ШУ ЧЖИ СЮЭ) построениям (Шао Юн, 11 в.; Цай Цзюфэн, 12–13 вв.; Фан Ичжи, Ван Чуаньшань, (17 в.), представители второго акцентировали социально-утилитарное значение знания (Люй Цзуцянь, Чэнь Лян, 12 в.; Е Ши, 12–13 вв.; Ван Тинсян, 15–16 вв.; Янь Юань₂, 17 – начало 18 в.). В 17–19 вв. господствовавшие учения Чэн – Чжу и Лу – Вана подверглись атакам со стороны «эмпирической» школы, делавшей упор на критическое изучение классических текстов и опытное исследование природы. Предтечей этого направления, ныне называемого «учением о естестве», или «конкретным учением» (пу сюэ), был Гу Яньу (17 в.), а крупнейшим представителем – Дай Чжэнь (18 в.). Дальнейшее развитие неоконфуцианства, начиная с Кан Ювэя (1858–1927), связано с попытками усвоения западных теорий.

В отличие от первоначального конфуцианства, неоконфуцианство основано прежде всего на текстах Конфуция (6–5 вв. до н.э.), Мэн-цзы (Мэн Кэ, 4–3 вв. до н.э.) и их ближайших учеников, а не на протофилософских канонах. Этот новый подход школа Чэн – Чжу воплотила в Четверокнижии (Сы шу). В период складывания неоконфуцианства нормативной формой Тринадцатиканония (Ши сань цзин) была охвачена и древняя протофилософская классика. Первое место в нем занял методологический «органон» – Чжоу и, в котором изложены нумерологические идеи, полностью эксплицированные (в том числе средствами графической символики) и развитые в неоконфуцианстве. Неоконфуцианцы активно разрабатывали значительно менее развитую в первоначальном конфуцианстве онтологическую, космологическую и гносео-психологическую проблематику. Заимствовав у даосизма и буддизма некоторые абстрактные понятия и концепции, неоконфуцианство ассимилировало их путем этической интерпретации. Моральная доминанта конфуцианства в неоконфуцианстве обернулась этическим универсализмом, в рамках которого любой аспект бытия стал трактоваться в моральных категориях, что выражалось с помощью последовательных взаимных идентификаций человеческих («гуманность»-жэнь₂, «[индивидуальная] природа», «сердце») и природных (Небо-тянь, «предопределение», «благодать/добродетель»-дэ₁) сущностей. Современные интерпретаторы и продолжатели неоконфуциаства (Моу Цзунсань, Ду Вэймин и другие) определяют такой подход как «моральную метафизику» (даодэ дэ синэршансюэ), являющуюся одновременно теологией.