Хомейни перешел в оппозицию правительству в 1962, когда по указу шаха было ликвидировано условие, чтобы все кандидаты в провинциальные собрания были мусульманами и свидетели в суде получили право давать присягу не только на Коране, но и на других священных книгах. В 1963 призвал не участвовать в референдуме, который должен был одобрить «белую революцию» шаха. Хомейни осудил нарушение исламских и конституционных принципов, политическое, экономическое и военное господство иностранных держав над Ираном, подавление свободы слова, особенно в отношении духовенства, а также дипломатические, торговые и разведывательные связи правительства с Израилем. В 1963, после антиправительственных беспорядков, Хомейни был арестован и в 1964 выслан из страны. Жил в Турции, затем в городе Неджеф в Ираке, в 1978 переехал во Францию. В 1971 издал свою главную работу – Исламская власть, в которой выдвинул идею теократического государства во главе с высшим теологом, знатоком законов.

Находясь в изгнании, Хомейни мог открыто нападать на шахский режим. Стал символом, а затем лидером антишахской революции. Бегство шаха в США открыло двери для его возвращения в Иран 1 февраля 1979.

Хомейни основал исламскую республику, которая бросила вызов США, позволив воинствующим студентам в течение 15 месяцев удерживать в качестве заложников персонал американского посольства в Тегеране. В 1981–1982 режим расправился с вооруженным выступлением леворадикального движения Моджахедин-е хальк, были сделаны попытки распространить исламскую революцию за пределы Ирана. Война с Ираком 1980–1988 привела к разорению страны. Умер Хомейни в Тегеране 3 июня 1989.