Во время оккупации Сукарно возглавлял созданные японцами политические организации, а 17 августа 1945 провозгласил независимость Индонезии и «четыре принципа» будущего государственного устройства: национализм, интернационализм, демократия, благосостояние граждан и вера в Бога. На следующий день была принята конституция нового государства, Сукарно был избран президентом. К моменту возвращения голландцев на острова сторонники объявления независимости укрепили свои позиции, однако лишь после ожесточенной четырехлетней войны 27 декабря 1949 Индонезия добилась подлинной независимости. Конституция 1950 ограничила полномочия президента Сукарно, исполнительная власть перешла к кабинету министров, который находился под контролем консерваторов. После десятилетия нестабильности и стагнации, нескончаемых бунтов военных Сукарно стал с 1959 неуклонно проводить концепцию «управляемой демократии» и «управляемой экономики» (что привело в конечном счете к коллапсу предпринимательской деятельности), объявил о возврате к конституции 1945 и установил квоты представительства различных политических сил в государственных органах. Сумел получить значительную финансовую и военную помощь одновременно от США и СССР, после чего занял публичную враждебную позицию к обеим странам. Осенью 1965 Сукарно фактически санкционировал, хотя и не поддержал открыто, мятеж левых сил во главе с коммунистами. После его подавления армия приступила к физическому уничтожению членов компартии и других левых организаций, а Сукарно вынудили отказаться от большинства полномочий, передав их кабинету министров, где главную роль играл командующий сухопутной армией генерал Сухарто. В марте 1967 парламент лишил Сукарно президентского мандата и назначил Сухарто исполняющим обязанности президента. Сукарно находился под домашним арестом до конца жизни. Умер Сукарно в Джакарте 21 июня 1970.