Бота стал премьер-министром в сентябре 1978 после отставки Дж.Форстера из-за скандала, угрожавшего единству Национальной партии. Южная Африка укрепила свои вооруженные силы, численность которых увеличилась после того, как к службе в армии были допущены черные граждане. Бота был против предоставления равных прав цветным (лицам смешанного происхождения), черным африканцам и азиатам, однако проводил гибкую политику, рассчитывая ослабить движение против апартеида. Были смягчены некоторые сегрегационные законы и введена в действие новая конституция, предусматривавшая включение в политическую систему цветных и азиатов (но не африканцев) на правах «младших партнеров» белых. Во внешней политике Бота стремился ослабить национально-освободительные движения в соседних государствах – Мозамбике, Анголе, Зимбабве, поддерживая антиправительственные группировки в этих странах; отказывался уйти с оккупированных территорий в Намибии. 5 сентября 1984 Бота был избран на пост президента ЮАР. В феврале 1989 после инсульта ему пришлось уйти с поста руководителя Национальной партии. 14 августа 1989 Бота оставил пост президента.