Мобуту запретил политические партии, восстановил сильную центральную власть и реорганизовал систему управления. Правительство национализировало гигантскую компанию по добыче меди «Юнион Миньер дю О-Катанга» (ЮМОК) в 1967. В том же году Мобуту создал собственную политическую партию «Народное движение революции» (НДР). В 1971 Мобуту переименовал страну в Заир, сменил свое христианское имя (Жозеф Дезире Мобуту) на африканское (Мобуту Сесе Секо) и провозгласил идеологию «аутентичности», или «подлинного заирского национализма».

В середине 1970-х годов Мобуту проводил прозападный внешнеполитический курс, одновременно развивая отношения с Китаем. Во время гражданской войны в Анголе, вспыхнувшей после провозглашения независимости в 1975, Заир оказывал помощь группировке, которую поддерживали США и ЮАР, в противовес силам, за которыми стоял СССР. В марте 1977 и мае 1978 эмигранты из Шабы (бывшая провинция Катанга) и другие недовольные правлением Мобуту заирцы вторгались в Заир. Вторжения были отражены при значительной иностранной помощи, особенно со стороны Франции.

В 1975 в стране разразился экономический кризис. Усилия международного сообщества с целью либерализации политической системы Заира и стабилизации экономики провалились из-за сопротивления переменам со стороны Мобуту и его ближайшего окружения. В 1980 13 членов парламента порвали с Мобуту и создали новое демократическое движение, выступавшее за введение многопартийной системы. В 1982 эта группа бросила открытый вызов однопартийному режиму, создав оппозиционную партию – Союз за демократию и социальный прогресс (ЮДПС). В 1990 Мобуту объявил о конце однопартийного правления и начале новой эры многопартийной системы. Однако в начале 1993 Мобуту и его окружение прибегнули к политике государственного террора, этническим чисткам и экономическому саботажу в попытке расколоть оппозицию и сохранить власть.

В середине 1990-х годов геноцид и социальная напряженность в Руанде вынудили сотни тысяч беженцев укрыться в восточном Заире. Заирские войска, направленные в восточные районы, изгоняли с территории Заира не только беженцев, но и заирцев-тутси. В октябре 1996 последние тутси подняли вооруженное восстание против режима Мобуту. Повстанцы-тутси и другие недовольные заирцы объединились в Альянс демократических сил за освобождение Конго во главе с Лораном Кабилой, захватили главные города восточного Заира и двинулись на запад, завоевывая огромные территории. В мае 1997 отряды повстанцев вошли в Киншасу. Кабила провозгласил себя президентом и переименовал страну в Демократическую Республику Конго. Умер Мобуту в Рабате (Марокко) 7 сентября 1997.