С 1908 – член Петербургского Религиозно-философского общества. Участвовал в сборниках Проблемы идеализма и Из глубины. После революции преподавал Ленинградском политехническом институте. В 1920-е годы организовал тайное религиозно-философское общество. В 1928 был арестован и отправлен в ссылку в Коми, а позднее в Новгород. После оккупации немецкими войсками Новгорода выехал в Германию. Умер Алексеев в Потсдаме 23 мая 1945.

Значительное влияние на Алексеева оказала теория «панпсихизма» его отца А.А.Козлова. Это влияние особенно заметно в первом серьезном философском сочинении Алексеева Основные проблемы теории познания и онтологии (1900). Своему отцу он посвятил книгу Алексей Александрович Козлов (1912). И в дальнейшем он оставался верен основным принципам концепции «панпсихизма», постоянно обращаясь в своем творчестве к религиозно-метафизической проблематике. Отрицание метафизики в новейших философских учениях есть, по Алексееву, проявление общего для новоевропейской культуры секуляризма. «Позитивизм и метафизика суть лишь вариации старого противоположения науки и теологии, гуманизма и теодицеи». Секулярность, доказывал Алексеев, сыграла решающую роль и в антиметафизическом гносеологизме неокантианских школ. Так же, как и Козлов, он исходил из первичной реальности «я» и признавал «гипотетическую», но совершенно необходимую для познания «всеобщую одушевленность» мира. В своей гносеологии Алексеев критически оценивал феноменологический и кантианский антипсихологим, отстаивая реальность и подлинность индивидуального душевного опыта и «непосредственного сознания». «Мы выводим все познание из двух источников: 1) из непосредственного сознания, которое и есть самая первоначальная для нас действительность, дающая нашему познанию необходимый базис и точку отправления, и 2) из мышления». Реальным и имеющим самое непосредственное отношение к познанию он признавал и трансцендентное, которое «неудержимо прорывается во всякую гносеологию». Эта никогда не прерывающаяся связь с трансцендентным определяет универсально символический характер человеческого познания.

Алексеев С.А. Основные проблемы теории познания и онтологии. СПб, 1900
Алексеев С.А. Мысль и действительность. М., 1914
Алексеев С.А. Сознание как целое. Психологическое понятие личности. М., 1918
Алексеев С.А. Гносеология. Пг., 1919
Зеньковский В.В. История русской философии. Л., 1991