Энке известен своими работами по определению солнечного параллакса, в основе которых лежало наблюдение из разных точек земного шара за прохождением Венеры по диску Солнца (идея этого метода принадлежит Э.Галлею). Обработка данных о двух таких прохождениях – в 1761 и 1769 – позволила Энке вычислить параллакс Солнца и на его основе уточнить расстояние между Солнцем и Землей. Важное значение имели исследования Энке, посвященные комете, ныне носящей его имя. В 1819 он установил, что кометы, открытые в разное время П.Мешеном, В.Гершелем и Ж.Понсом, являются одной короткопериодической кометой с периодом обращения 3,3 года. Энке проанализировал движение кометы за большой период времени, учитывая фактор возмущения, вызываемого шестью планетами, разработал новый метод вычисления возмущений в прямоугольной системе координат (метод Энке). Умер Энке в Шпандау 26 августа 1865.