Подобно всем великим средневековым схоластам, Дунс Скот видел главную цель теологии в разъяснении и защите христианского вероучения. По его мнению, философы, подобные Аристотелю, который полагался лишь на человеческий разум, не способны обосновать центральные положения христианского вероучения – например, доказать существование Высшего Существа, сотворившего мир и воздающего наказания и награды людям после смерти. В труде Теоремы (Theoremata) Дунс Скот развивает тезис о пропасти, существующей между верой и разумом.

Вместе с тем Дунс Скот признавал ценность логического анализа и метафизического метода в поисках истины. В рамках традиции средневекового реализма он представлял себе мир как мириады воплотившихся «сущностей» или «форм», которые первоначально существовали как «идеи» в уме Бога. Эти «сущности» реальны и принадлежат всем индивидам («индивидуальным субстанциям»), которые входят в данный вид или род (например, «человечество» и «одушевленность» – это «сущности», общие, соответственно, для людей и для животных вообще). Индивидуальные субстанции возникают в результате соединения родо-видовых сущностей (форм) с т.н. hacceitas (буквально «этостью»), которая и обеспечивает единство и своеобразие всякой индивидуальной субстанции. Постигаемые умом сущности имеют универсальный характер. Согласно учению Дунса Скота, понятия «бытия» и «трансцендентальных сущностей» («благость», «единство» и т.д.) тождеименны (univoci), т.е. имеют один и тот же смысл независимо от того, применяются они к Богу или же к его творениям. Однако «бытие» или «благость» реализуются в них по-разному: в Боге они бесконечны, а в тварных субстанциях конечны. Предложенное Дунсом Скотом доказательство бытия Божьего, развивающее доказательство св. Ансельма Кентерберийского, является едва ли не самым сложным и изощренным из всех доказательств такого рода.