Заявив о своем несогласии с мирными соглашениями с ООП, подписанными в Осло, Нетаньяху обвинил правительство Рабина в отсутствии жесткой позиции в отношении арабского терроризма, настаивал на том, что главным принципом внешней политики Израиля должно быть обеспечение безопасности страны. На выборах 29 мая 1996 был избран премьер-министром на первых прямых выборах с перевесом в 30 тыс. голосов. В первые месяцы пребывания у власти предложил политический курс, не допускающий пересмотра соглашений в Осло, но заявил о неприятии идеи независимого палестинского государства. Продемонстрировал стремление продолжить мирные переговоры с Сирией, следуя политическому принципу «мир в обмен на мир» вместо традиционного принципа Партии труда – «земля в обмен на мир».

В январе 1997 Нетаньяху сумел достичь договоренности о выводе израильских войск с Западного берега. В декабре 1998 был вынужден объявить о досрочных выборах после того, как потерял поддержку ключевых фракций правящей коалиции. На выборах в мае 1999 потерпел неудачу, и пост премьер-министра занял Эхуд Барак.