В 1943 Дутра в качестве военного министра посетил США. Встал во главе бразильского экспедиционного корпуса, который принимал участие в военных действиях в Италии совместно с войсками союзников.

В 1945, после неудачной попытки Варгаса отменить выборы, Дутра совершил государственный переворот. Был избран президентом в январе 1946 при поддержке Социал-демократической партии. С принятием новой конституции в сентябре 1946 впервые за девять лет был созван Бразильский конгресс.

7 мая 1947 решением Высшего избирательного трибунала была запрещена Бразильская коммунистическая партия, а ее представители были удалены с должностей в правительственных учреждениях общенационального и местного уровня. Запрещены были также Союз коммунистической молодежи и Конфедерация трудящихся. В октябре 1947 были разорваны дипломатические отношения с СССР. Социал-демократическая партия, получившая большинство в конгрессе после выборов 1945, выдвинула план мероприятий по улучшению положения в социальной сфере, в том числе повышению уровня грамотности населения. На выборах в октябре 1950 Варгас был вновь избран президентом. После этого Дутра отошел от политической деятельности.

Умер Дутра в Рио-де-Жанейро 11 июня 1974.