Фуко впервые изложил свои идеи в книге История безумия в классическую эпоху (L'Histoire de la folie l'age classique, 1961), где утверждал, что в «эпоху разума» (конец 17–18 вв.), когда разум пытается определить себя, исключая любые элементы неразумия, возникает совершенно новое понимание безумия. Безумных людей начинают заключать в больницы. В конце этого периода изобретают дома умалишенных, а также возникает новая врачебная профессия, в задачи которых входит контроль над больными и жесткое обращение с ними. Общий урок: человеческая мысль характеризуется радикальной дискретностью, понятия внезапно возникают и так же внезапно исчезают. Фуко пытается дать определение безумия, как оно понимается в данную эпоху, принимая во внимание все, что говорилось о безумных, и все, что с ними делали. Подразумевается, что эта концептуальная схема, принадлежавшая прошлому, является предпосылкой нынешних представлений.

Другой пример такой исторической трансформации понятий приводится в книге Рождение клиники (Naissance de la clinique, 1963), прослеживающей появление клинической медицины в период Великой французской революции. Новые клиники – не просто изменение в медицинской практике, но также изменение в мышлении врача. Теперь лечатся отдельные органы больного, а не человек в целом. Медики переключают внимание на совершенно иной класс объектов. Фуко также прослеживает связи этого феномена с другими изменениями и утверждает, что философские движения позитивизма и феноменологии являются необходимыми следствиями новых способов «смотрения» и «видения».

Ряд подходов объединяет Фуко со структурализмом: 1) холизм, т.е. видение системы знания как связного целого, а не совокупности отдельных единиц; 2) внимание к слову, т.е. видение системы знания прежде всего как изощренной сети связей между высказываниями; 3) презрение к «смыслу». Дискурс должен анализироваться не с точки зрения того, что он означает или подразумевает; он представляет собой более или менее бессознательное отражение прочно укоренившихся предпосылок и установок; 4) стремление к выявлению «глубинных структур» дискурса, лежащего в его основе набора принципов, определяющих то, что высказывается. Поиски такого архе, или руководящего принципа дискурса, Фуко полушутя-полусерьезно называет «археологией»; 5) предпочтение анонимных высказываний высказываниям известных авторов.

Все эти темы разрабатываются в его главном труде – Слова и вещи (Les Mots et les choses, 1966), исследовании гуманитарных наук и тех структур мышления, которые им предшествовали. Публичный дискурс о труде, жизни и языке – экономика, биология и филология – имеет свое особое происхождение, это мутация классического (картезианского) анализа богатства, естественной истории и общей грамматики. «Человек», существо, являющееся одновременно и объектом изучения и его субъектом, есть побочный продукт нового дискурса о жизни, труде и языке. Фуко утверждает, что гуманитарные науки должны иметь другой предмет, и книга завершается драматическим, но не вполне ясным рассуждением, по которому выходит, что псевдопредмет «человек» скоро исчезнет и будет заменен анонимным и автонимным дискурсом, в котором полярное противопоставление субъективного и объективного, присущее понятию «человек», будет преодолено. К главному труду примыкает попытка описать новую методологию, предпринятая в книге Археология знания (L'Archologie du savoir, 1969).

Исследование тюрьмы, Надзирать и наказывать (Surveillir et punir, 1975), во многом сходно с предыдущими работами Фуко, однако содержит, кроме того, описание новых установлений во властной структуре общества. Его история сексуальности (1-й том – Воля знать, La Volont de savoir, 1976; 2-й том – Употребление удовольствий, L'Usage des plaisirs, 1984; 3-й том – Забота о себе, Le Souci de soi, 1984) начинается с типично иконоборческого наблюдения, что викторианская эпоха была одержима сексом. Но допускались лишь определенные формы соответствующего дискурса. Фуко полагает, что это способ контроля общества над самим собой, осуществляемый не с помощью явных мер, но через более глубокие структурные принципы, определяющие, какие слова можно говорить, а какие – нельзя.