Первым литературным трудом Кассиодора был краткий свод истории Рима (Хроника), доведенный до 519 н.э. Затем последовал большой труд по истории готов, где отразились политические убеждения Кассиодора, мечтавшего о налаживании сотрудничества готов и римлян. Основная часть этой книги была написана до 534, но, судя по всему, Кассиодор продолжал писать ее вплоть до 551. Эта работа утрачена, но в 551 готский историк Иордан обобщил ее содержание в краткой Истории готов. В 538, выйдя в отставку, Кассиодор собрал и издал под заголовком Смесь (Variae) наиболее существенные письма и эдикты, написанные им по поручению готских королей.

В период Вивария Кассиодор уделял много внимания проблеме надлежащего образования своих монахов как в религии, так и в светской области. С этой целью он написал Основы божественных и светских наук (Institutiones divinarum et saecularium litterarum) в двух книгах. Вторая книга посвящена свободным искусствам, а первая – истолкованию Библии и изучению Отцов церкви. К этому трактату прилагалось рассуждение об орфографии. Кассиодор написал комментарий к Псалмам, где прибег к методам античной филологии, а также трактат о душе. Кроме того, он организовал перевод на латынь греческих книг, в том числе Иудейских древностей Иосифа Флавия и Трехчастной истории (Historia tripartita), истории церкви с 306 по 439 н.э., составленной по извлечениям из Феодорета, Сократа и Созомена.