Бахофен занимался главным образом исследованиями римского права и классической мифологии. В ходе этих исследований он обнаружил ссылки на случаи установления родства по материнским линиям, несмотря на господство в античном мире патриархата. Эти факты и примеры такого же рода среди некоторых современных первобытных народов заставили Бахофена заключить, что матриархат предшествовал патриархату в социальном развитии человечества. Господство женщин возникло, по его гипотезе, из еще более ранней стадии промискуитета («гетеризма»). Важные факторы этого развития – присущая женщинам религиозность и культ женского божества. Бахофен полагал, что первоначальная общественная структура была отражением религиозных взглядов. Cхема эволюции общества, изложенная им в 1861 в труде Материнское право (Das Mutterrecht), стала впоследствии частью марксистского учения.

Среди других важных работ Бахофена – Символика древних гробниц (Versuch ber die Grbersymbolik der Alten, 1859) и Антикварные письма, в особенности о древнейших понятиях родства (Antiquarische Briefe, vornehmlich zur Kenntniss der altesten Verwandschaftsbegriffe, 1881–1886). Умер Бахофен в Базеле 25 ноября 1887.