Хотя миссисипский аллигатор очень похож на острорылого крокодила, их относят к разным семействам из-за различий в строении передней части головы и зубов. У аллигатора более широкое рыло, а верхние зубы перекрывают нижние. У крокодилов рыло относительно заострено, а зубы смыкаются более или менее в одну линию.

Пока человек не беспокоил миссисипских аллигаторов своей хозяйственной деятельностью, они дорастали до 5,7 м в длину. Теперь они редко превышают 3,6 м, а в среднем длина взрослой особи составляет ок. 2,7 м при массе приблизительно 110 кг. Как правило, самки на 0,6 м короче самцов и почти вдвое легче их. Длина китайского аллигатора – 1,5–1,8 м.